复制基因的另一个可能的命运是两个拷贝同样可以自由地积累退行性突变，只要任何一方突变造成的缺陷能由另一个拷贝补充，这种现象称为中性的“亚功能化”。这两个基因都不会丢失，因为它们现在都执行重要的非冗余功能，但最终都无法实现新功能。
亚功能化可以通过中性过程发生，其中突变积累既没有害处也没有益处。但是，在某些情况下，可以发生具有明显适应性益处的子功能化 。
