想象一下让你复制一个图书馆,若要一个人做这事几乎要永无止境了。你或许要叫上一些朋友,做个分类计划,然后各个击破。
当人类的细胞在每次分裂的时候,都将面临复制60亿个DNA(脱氧核糖核酸)字母的艰巨任务。然而,DNA的复制机制并不是逐条染色体慢慢复制,而是在多个起源点同时“发力”。一些区段可能比另一些更早或更晚得到复制。
来自哈佛医学院、哈佛布罗德研究所和麻省理工学院的基因学家开展了一项新研究,他们发现,包括起源点位置和DNA片段复制顺序在内的“复制时机”竟然因人而异。
11月13日《细胞》在线版发表了这一成果,该研究还确认了第一组由“复制时机”精心策划的基因变异体。
隐藏的“复制时机”能影响基因突变率
“每个人的细胞都有复制基因的计划,但并非所有人的复制计划都一样,这一点既让人惊讶又引人入胜。”论文作者斯蒂文·麦卡罗尔说,他是哈佛医学院基因遗传学助理教授。
DNA复制是细胞进程中最基础的机制,人与人之间的任何差异都可能影响基因遗传,包括个体疾病风险和人类进化。
新研究指出,就目前所知,“复制时机”会影响基因突变率,DNA片段过早或过晚复制都可能引起更多错误,不同的“时机”会导致基因突变风险的不同模式。
麦卡罗尔的课题组发现,这个因果关系能解释为什么有些人更容易罹患白血病。
研究人员此前知道,一个名为JAK2的后天基因突变会导致这种血液癌症,他们还注意到,携带JAK2突变基因的人,在该基因附近存在一系列特殊的遗传基因变异体,但是他们并不能肯定,遗传变异体和新的突变之间具有何种联系。
“‘复制时机’可能是遗传变异体影响此后基因突变和疾病风险的一种方式,而我们通常认为这种方式发生得很偶然。”麦卡罗尔说。博士后研究员、第一作者阿曼·科伦说,“这是个出乎所有人意料的全新形式。”
全新方法反映出“真实的生物学规律”
麦卡罗尔和科伦等研究人员之所以取得这些发现成果,很大程度上因为他们发明了一种储存DNA“复制时机”数据的新方法。原来,它就藏在人们的眼皮底下。
在此之前,要想研究“复制时机”,科学家需要煞费苦心地“让细胞在几周内成长,用特殊的机器对这些细胞进行分类,再做一个大型的、复杂的、昂贵的、费时的实验。所有这些都是为了同时获得几个人的相关材料。”科伦解释道。
研究人员探索了一个更简便的方法。他们求助于一个“1000基因图谱项目”,该项目包含了从世界各地几百人身上采集的在线基因序列数据。
由于这个项目中的大多数DNA都已从积极分裂细胞中提取完毕,研究小组假设,“复制时机”的信息就隐藏在其中。
他们猜对了。他们计算了每个基因图谱中单个基因的复制数量。因为较早得到复制的起源点所生成的基因片段数量比晚生成的片段多一些,这样他们就能为每个人生成各自个性化的“复制时机”映射图。
“人们之前看到过这样的模式,但是因为基因组测序技术的落后而错过了这些现象。”麦卡罗尔说,在进行了许多排除可能性的大量测试后,“我们发现,这种模式反映了真实的生物学规律。”
研究人员接下来用个人基因序列数据,比较每个人的“复制时机”差异是否与特殊基因变异体相匹配。从161个样本中,他们确定了16个基因变异体。这些变异体很短,大多数也很普遍。
期待能窥见整个“冰山”的大型实验
未来,在研究中会发现更多的变异体,研究人员在实验室将会更熟练地掌控“复制时机”,还会搞清楚它是如何工作的,以及其在生物学中的重大意义。
类似的研究应该繁荣发展,“研究‘复制时机’,现在需要做的就是培养细胞并对DNA测序,而现在很多人都在做。”科伦说,新方法“更简单、更快捷、更省钱,我希望它能带来一种变革,因为我们现在完全可以在更大范围内搞大型实验。”
“在基因序列数据中,我们发现了生物学信息。”麦卡罗尔补充道,“但这只是一个附属的生物学实验而已。想象一下,当我们和其他人真正设计了研究这一现象的实验,并从中所获取的结果吧。”
比如,变异体的位置临近复制起源点,这让研究小组想知道,通过改变一个人的起源点能否影响“复制时机”;他们还怀疑,变异是否是通过改变染色体结构来实现的以及为什么会这样;他们还想寻找控制“复制时机”的其他变异体。
“这16个基因变异体只是冰山一角。”科伦说。
经过20多年的努力,科研人员成功地对6种现存猿类的基因组进行了完整测序,为研究人类进化提供了近距离视角,这被英国《自然》杂志称为“遗传学的一个里程碑”。123名来自多个国家和地区的科研人员组成的团队9......
以色列特拉维夫大学近日发布公报说,该大学研究人员开发出一种基于人工智能的scNET系统,能深入了解细胞在肿瘤等复杂生物环境中的行为变化,有望为疾病治疗研究提供新途径。公报说,当前单细胞测序技术日益成熟......
以色列耶路撒冷希伯来大学近日发布公报说,该校研究人员绘制出一份较为全面的人类基因“隐秘开关”图谱,有助于推动遗传疾病等方面研究。人类遗传物质脱氧核糖核酸(DNA)上的基因可以被甲基化,这可以使相关基因......
在植物的奇妙世界里,油茶作为重要的木本食用油料植物,有着超2300年的栽培历史,其用途广泛,在全球粮食危机的大背景下愈发受到关注。攸茶(Camelliameiocarpa Hu)是其中一员,......
研究背景在广袤的农田里,有一种害虫正悄无声息地威胁着农作物的生长,它就是粘虫(Mythimnaseparata)。粘虫堪称农业界的“破坏大王”,凭借着强大的迁飞能力和不挑食的习性,所到之处,水稻、玉米......
杂种坏死是一种在植物杂交后代中常见的遗传不亲和现象,表现为叶片坏死、生长迟缓和不育等症状。杂种坏死的发生严重阻碍了优良性状的聚合,限制了新品种的培育。早在一百年前,育种家便发现了小麦中的杂种坏死现象,......
近日,北京市农林科学院玉米所赵久然/王凤格团队在国际著名植物学期刊《JournalofIntegrativePlantBiology》在线发表了题为“Insightsintothegenomicdiv......
2月26日,记者从北京大学现代农业研究院获悉,该院叶文秀研究员和郭立研究员团队绘制了全球首个涵盖葡萄属的欧亚、北美和东亚世界三大种群的72个葡萄种质材料的单倍型超级泛基因组图谱,从而揭示葡萄属丰富遗传......
在生命科学的广袤领域中,基因组关联研究(Genome-WideAssociationStudies,GWAS)宛如一座灯塔,照亮了探索遗传变异与健康、疾病关系的道路。想象一下,若能整合全球各机构的基因......
2月23日,记者从海南医科大学获悉,该校热带医学院杨国静教授团队近日在国际医学期刊《英国医学杂志》在线发表论文《中国被忽视热带病负担估计的差异:真实世界数据与GBD2021的比较研究(2004—202......