基因敲除分为完全基因敲除和条件型基因敲除（又称不完全基因敲除）两种。
完全基因敲除是指通过同源重组法完全消除细胞或者动物个体中的靶基因活性，条件型基因敲除是指通过定位重组系统实现特定时间和空间的基因敲除。
噬菌体的Cre/LoxP系统、Gin/Gix系统、酵母细胞的FLP/FRT系统和R/RS系统是现阶段常用的4种定位重组系统，尤以Cre/LoxP系统应用最为广泛。
