根据电泳类型分为平板型电泳和毛细管电泳两类：
1. 平板型电泳：平板型电泳的凝胶灌制在两块玻璃板中，聚合后厚度一般小于0.4mm或更薄，因此又称为超薄片层凝胶电泳。是经典的电泳技术，具有样品判读序列长（600-900bp）、一块凝胶板上可同时进行多个样品测序的优点。
2. 毛细管电泳：将凝胶高分子聚合物灌制于毛细管中(内径50~100um)，在高压及较低浓度胶的条件下实现DNA片段的快速分离。是一种快速、高效、进样量少、灵敏度高的技术，可测序列达到750bp左右。
