近日，中国科学院北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室“百人计划”章张研究员带领其团队，成功设计开发出检测密码子使用偏好（Codon Usage Bias，简称CUB）的新算法：密码子偏差系数模型（Codon Deviation Coefficient，简称CDC）。该研究成果发表在BMC Bioinformatics杂志上。
此项工作原创性地将概率论中的交、并、补操作应用到组分分析，用GC含量（S）和嘌呤含量（R）来表示四个核苷酸组分，并在此基础上推导出密码子和氨基酸的组分，从而设计出基于S和R的组分模型，应用该模型考察基因的CUB，进而提出了CDC算法。不同于现有的CAI、ENC等相关算法，CDC通过GC含量和嘌呤含量考虑了不同序列的背景组分特异性，独创性地运用自展重抽样法（Bootstrap Resampling）检测CUB的显著性，且不需要高表达基因作为先验信息。
经验证，CDC在模拟数据中优于现有的多个相关算法，在真实数据中CDC与基因表达含量的关联系数（Correlation Coefficient）高于其它算法，并且在大肠杆菌中发现CUB的显著性与基因功能有着紧密联系。
该项成果的发布，使科研工作者能更准确快速地分析CUB，进而更深入地研究在自然选择压力下的基因突变、基因表达，蛋白质功能等的进化。
11月5日凌晨，中国科学院动物研究所携手华大生命科学研究院、北京基因组研究所（国家生物信息中心），在全球顶尖学术期刊《细胞》（Cell）上发表了最新研究成果，利用华大自主研发的“超广角百亿像素生命照相......
竹子即竹亚科是禾本科的重要分支，广泛分布于亚洲、非洲和拉丁美洲，约有1,700种。作为一类生长快、多年生、可再生的森林资源，木本竹子越来越多被用作木材的替代品，具有重要的经济价值和生态价值。有研究发现......
科技日报北京8月15日电（记者张佳欣）据最新一期《自然》杂志报道，德国康斯坦茨大学和维尔茨堡大学领导的国际研究团队，对动物界最大基因组的拥有者——肺鱼进行了基因组测序。肺鱼基因组约为人类基因组大小的3......
在南美洲发现的一种肺鱼是迄今测序的拥有最大基因组的动物。8月14日，一项发表于《自然》的研究显示，美洲肺鱼的DNA包含了惊人的910亿个化学碱基，是人类基因组的30倍。然而，这910亿个碱基只包含与人......
近日，中国热科院品资所牧草团队在木豆农家种高质量基因组组装及种子百粒重遗传基础解析方面取得新进展，该研究绘制了一个我国的木豆农家种D30高质量参考基因组，并通过全基因组关联分析（GWAS）......
不同微生物的基因组指向了一个初级免疫系统的早期进化所有生物共有的最后一个祖先是一种生活在42亿年前的微生物，其基因组相当庞大，编码约2600种蛋白质，以氢气和二氧化碳为食，并拥有一个抵御病毒入侵的基本......
7月8日，记者从西南大学获悉，该校教授代方银团队首次获得了家蚕W染色体完整基因组序列，并揭示了鳞翅目昆虫W染色体起源与进化新机制。相关研究成果近日发表于期刊《科学进展》。家蚕性别的决定机制一直受到科学......
5月19日，重庆市农科院发布消息，该院果树所柑橘创新团队杨蕾、洪林、王敏、李霜等研究人员发布了国际首个血橙高质量基因组。相关研究成果以学术论文近日在国际期刊《科学数据》发表。杨蕾介绍，血橙是一种极具特......
5月19日，重庆市农科院发布消息，该院果树所柑橘创新团队杨蕾、洪林、王敏、李霜等研究人员发布了国际首个血橙高质量基因组。相关研究成果以学术论文近日在国际期刊《科学数据》发表。杨蕾介绍，血橙是一种极具特......
近日，我国科学家在叶下珠科药用植物基因组研究方面取得新进展，研究揭示了多次杂交与多倍化事件共同塑造了叶下珠科复杂的物种形成历史。相关成果发表于《植物学杂志》（ThePlantJournal）。叶下珠科......