基质辅助激光解吸电离质谱仪种类有多种。
1、按分析目的可分：基质辅助激光解吸电离化验室质谱仪和基质辅助激光解吸电离工业质谱仪。
2、按质量分析器的工作原理可分：基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱仪和基质辅助激光解吸电离傅里叶变换质谱仪等。
3、按结构可分：台式基质辅助激光解吸电离质谱仪和落地式基质辅助激光解吸电离质谱仪。
4、按分析规模可分：小型基质辅助激光解吸电离质谱仪和大型基质辅助激光解吸电离质谱仪。
5、按用途可分：基质辅助激光解吸电离生物质谱仪、基质辅助激光解吸电离制药质谱仪、基质辅助激光解吸电离化工质谱仪、基质辅助激光解吸电离食品质谱仪、基质辅助激光解吸电离核酸质谱仪、基质辅助激光解吸电离RNA质谱仪和基质辅助激光解吸电离试验质谱仪等。