复旦大学PNAS发表全基因组测序新发现

　　复旦大学上海医学院高谦（Qian Gao）教授课题组的研究人员与来自中国、西班牙、瑞士等国的科学家们展开合作，在新研究中采用全基因组测序结合大规模基因分型揭示出了结核分枝杆菌北京家族菌株的起源、进化及其与现代人类迁移的联系。这项研究发布在6月15日的《美国国家科学院院刊》（PNAS）杂志上。

　　复旦大学上海医学院的高谦教授，瑞士热带与公众卫生研究所的Sebastien Gagneux，上海市疾病预防控制中心结防科主任梅建（Jian Mei），广西壮族自治区疾病预防控制中心的Rushu Lan，以及中国疾病预防控制中心的万康林(Kanglin Wan)是这篇论文的共同通讯作者。

　　我国是全球22个结核高负担国家之一，结核病人数位居世界第二。我国的结核疫情主要是由结核分枝杆菌北京家族菌株所致。该菌株在东亚各国高度流行，并在全球广泛传播。在表型上，北京菌株通常被认为具有更强的致病性和耐药性，但不同实验或地区的结果并不一致；在基因型上，北京菌株被认为是一个遗传相似度极高的群体，但近期大量分型或测序数据提示该群体内部存在一定的遗传差异性。目前为止，北京菌株的遗传结构仍然缺乏系统的研究；北京菌株的起源问题也存在争议。了解北京菌株的起源、进化和传播历史对于进一步认识其在全球的广泛分布及其致病性和耐药性有重要的意义。

　　在这篇文章中人就人员通过对358株北京菌株进行全基因组测序确定了全球北京菌株的多样性特征。他们证实在东亚地区流行的北京菌株显示遗传多样性，而在全球流行的北京菌株则主要属于称作为“现代”型菌株的同源性更高的亚型。系统发生地理学和贝叶斯进化分析表明，北京菌株的起源于距今大约3万年左右的东南亚地区，这一时间与现代人口早期定居于东南亚的年代相符。

　　通过结合来自中国各地1,793株菌株的基因组数据和基因分型的结果，他们发现“现代”型型北京菌株在距今约6000年前发生了一次大规模的扩张，这与“新石器”时期农业产生后仰韶社会人群（北方汉族祖先）扩张的年代完全相符，从而进一步证明了“现代”型菌株很可能起源于我国北方，之后随着北方汉族人群的迁移扩散到了其他的地区。

　　这些研究结果揭示出了北京菌株的东南亚起源以及与东亚的现代人群的平行进化。此外，研究人员指出在全球范围内流行的北京菌株主要属于强致病力亚型，极有可能是适应中国北方农业变迁过程中人口密度上升的结果。

　　新研究通过解析结核北京菌株的起源和进化进一步揭示了结核的传播与现代人类迁移、扩展之间的密切联系，为进一步研究结核菌致病机制提供了重要的线索。