发布时间:2019-03-25 22:34 原文链接: 外显子捕获与扩增2

阶段 3:mRNA 的提取

材料


缓冲液与溶液
按合适比例稀释贮存液。

DEPC 处理水

乙醇

NaCl(5mol/L)



酚:氯仿

无二价阳离子的磷酸缓冲液(PBS)

SDS(5%m/V)

TMK 缓冲液
10 mmol/LTris-HCl(pH7.5)
10 mmol/LKCl
1 mmol/LMgCl2
Triton X-100(10%V/V) 或 Nonidet P-40(4%,V/V)

离心转头

Sorvall H1000B 转头或等同规格转头

专用设备

细胞刮子或橡胶刮

聚苯乙烯离心管(15 ml), 冰上预冷至 0°C

细胞与组织

分别经重组 pSPL3 和非重组 pSPL3 转染的 COS-7 细胞

方法

1. 用冰预冷的不含钙、镁离子的 PBS 洗涤平皿中的转染 COS-7 细胞三次。洗涤过程中将平皿保持在冰上。

2. 每个平皿中加入 10 ml 预冷的 PBS。保持平皿在冰上,小心的将细胞刮除下来。

3. 将细胞悬液转入预冷的 15 ml 聚苯乙烯离心管中。
使用透明的聚苯乙烯离心管,有利于步骤 8、9 中不含细胞核的胞浆的回收。

4.4°C、300 g(Sorvall H1000B 转头上相当于 1200r/min) 离心 8 min 回收细胞。

5. 尽可能倾去上清,并用加样器除去残存的上清。

6. 在 300ulTFK 缓冲液中重悬 1X106 至 2x106 的 COS 细胞,冰上放置 5 min。

7. 加入 15ul 的 10% 的 Triton X-100 或 4% 的 Nonidet P-40, 冰上放置 5 min。
加入非离子去污剂可导致质膜的轻微破解而核膜保持完整。

8.4°C、500 g(Sorvall H1000B 转头上相当于 1500r/min) 离心 5 min 沉淀细胞核。

9. 将上清移入预冷的 1.5 ml 小离心管中。
重要:移取上淸时应异常小心,切不可触及细胞核沉淀。如核膜破裂会导致基因组 DNA 污染,样品将非常黏期而难以吸取。

10. 加入 20ul 的 5%SDS 和 300ul 的酚,剧烈振荡后最大速度离心 5 min,样品将分为有机相和水相。

11. 将水相移入含 300ul 酚: 氯仿的 1.5 ml 小离心管中,剧烈振荡后室温最大速度离心 3 min 进行分相。

12. 移取上层的水相至预冷的 1.5 ml 小离心管中,加入 120 的 5mol/LNaCl 和 750ul 的乙醇。-20°C 放置 2~3 h 或-80°C 放置 30 min 以沉淀 RNA。
核酸在乙醇中比在水中更稳定。如长期保存,RNA 应置于乙醇中-80°C 冻存(见第 7 章,方案 1 结尾部分的专栏“RNA 的保存")。

13.4°C、最大速度离心 10 min 回收 RNA。

14. 弃上清并用 70% 乙醇洗涤沉淀。空气干燥后,将沉淀重悬于 20 g 的 DEPC 处理水中。

阶段 4: 反转录 PCR

材料


缓冲液与溶液
按合适比例稀释贮存液

10x 扩增缓冲液

氯仿

DEPC 处理水

DTT(lmol/L)

dNTP 溶液,每种核苷酸浓度为 1.25 mmol/L



RNase 抑制剂

酶及缓冲液

Bst XI

EcoR V

Mo-MLV 反转录酶

Taq DNA 聚合酶

DNA 尿嘧啶糖基酶(1 单位/ul)