根据临床表现、实验室检查、各种功能试验及定位检查，结合仔细的查体与询问阳性家族史，MEN2一般不难诊断。但对那些症状不典型或无症状的患者，则需要紧密随诊．并做进一步检查，以便及早确诊。如甲状旁腺髓样癌诊断可测定血降钙素水平，能扪及甲状腺的大多数患者，降钙素增高，但在早期，基础降钙素可以正常，此时可由前列腺素或钙灌注后测定血浆降钙素，只有对钙和前列腺素过度反应，髓样癌才可诊断。如对嗜铬细胞瘤的定性诊断可测定24小时尿游离儿茶酚胺，嗜铬细胞瘤定位诊断可做CT或MRI或有助于诊断的间碘苄胍体外闪烁扫描，以确立是否有双侧病变存在。甲状旁腺功能亢进可根据高血钙、低血磷、血甲状旁腺激素增高而确立诊断。由于RET基因突变的部位有限，有条件的对可疑患者及其家族成员进行基因检测，远比其他筛查方法可靠。
本病主要是MEN2型的各腺体病变与相应的散发性病变进行鉴别。MEN2型的各腺体病变往往多发，并有家族史及多种腺体病变史。