多肽电泳仪分类有多种。
1、按分离原理可分：多肽色谱电泳仪、多肽区带电泳仪、多肽凝胶电泳仪和多肽等电聚焦电泳仪等。
2、按作用可分：多肽定量分析电泳仪和多肽定性分析电泳仪。
3、按产地可分：国产多肽电泳仪和进口多肽电泳仪。
4、按应用范围可分：专用型多肽电泳仪和普通型多肽电泳仪。
5、按电源控制可分：多肽恒压电泳仪、多肽恒流电泳仪和多肽恒功率电泳仪。
6、按分离装置可分：多肽毛细管电泳仪和多肽芯片电泳仪等。
7、按分离特征可分：多肽电泳仪、高选择性多肽电泳仪、高灵敏度多肽电泳仪和高分离度多肽电泳仪等。