由于内膜结核杆菌数量较少，用内膜或子宫分泌液直接涂片染色镜检，阳性率太低，无临床实用价值。一般留取一半刮宫标本进行细菌培养及动物接种。将子宫内膜碎片在无菌器皿中磨细，种植于适当的培养基上，每周检查培养物一次，直到2个月或出现阳性为止。另将磨细的内膜混悬液注入豚鼠腹壁皮下，6～8周后将实验动物处死后取其区域性淋巴结、腰部淋巴结及脾脏作涂抹标本，染色后直接镜检，或再进行细菌接种培养。
为了避免刮宫引起结核播散危险，有人主张收集月经血作培养。方法是于月经期在患者宫颈外套以宫颈帽收集??下取经血培养，但较子宫内膜细菌学检查阳性率要低。月经间歇期宫颈分泌物的培养，虽不受时间限制，可反复进行，但阳性率更低。
上述细菌培养及动物接种虽可确定诊断女性生殖器结核，有时须反复进行才获得结核杆菌的阳性反应，故一般定为至少3次阴性才能排除结核。