原子荧光的主要干扰是猝灭效应。这种干扰可采用减少溶液中其它干扰离子的浓度避免。
其它干扰因素有光谱干扰、化学干扰、物理干扰等。
克服干扰的途径有加入络合剂、降低硼氢化钾浓度、加入氧化还原电位高于干扰离子的元素、分离干扰元素等方法。
定量分析方法
校准曲线法：与原子吸收光谱法相似：配制一系列含有试样基体的标准溶液，其基体含量与溶液组成和被测尽可能接近；依次喷入火焰；绘制原子荧光强度与浓度关系的曲线；然后在相同条件下测定被测溶液的原子荧光强度，用内插法求出它的浓度。
标准加入法：试样中基体影响很大，且无法配制与试样相同的基体组分。