再生障碍性贫血的病因较为复杂，半数病人系原因不明的原发性再生障碍性贫血。再障好发于青壮年，占全部病例的70%以上，少数女性患者在妊娠期发病，分娩后缓解，再次妊娠时再发。动物实验证明，大剂量雌激素可抑制骨髓造血功能，因此，有人认为再生障碍性贫血与妊娠有关。但是多数学者认为妊娠和再生障碍性贫血两者之间并无必然的联系，而是偶然巧合。
继发性再生障碍性贫血常与以下因素有关：
①物理、化学因素。
②药物因素。
③感染因素。
④其他因素：部分再生障碍性贫血病人与免疫机制存在一定关系。有的与遗传因素有关，如遗传性再生不良性贫血是一种罕见的常染色体隐性遗传性疾病，除骨髓增生不良外，可伴有多种先天性畸形和染色体异常。
再障的主要发病环节在于异常免疫反应，造血干细胞数量减少和（或）功能异常，支持造血的微环境缺陷亦介入了再障的发生发展过程。
①异常免疫反应损伤造血干/祖细胞。
②造血干细胞减少或缺陷。
③造血微环境的缺陷。