安捷伦科技生物信息学套装新增整合生物学分析功能

安捷伦科技生物信息学套装新增整合生物学分析功能

GeneSpring 现可实现通路水平的多组学及新一代测序数据分析

　　2012 年 3 月 27 日，加利福尼亚州圣克拉拉市——安捷伦科技公司(纽约证交所：A)今日发布了其广受欢迎的生物信息学软件的重要扩展版本 GeneSpring 12.0，该软件的推出使医学研究水平达到一个新的高度。使用新版 GeneSpring，用户可以在熟悉的软件环境中分析新一代测序数据，并可以在通路水平进行跨多组学平台数据的联合分析。

　　这些新功能是在GeneSpring 之前已有的转录组学、基因组学、代谢组学和蛋白组学的数据分析模块上的进一步扩展。

　　安捷伦副总裁生物系统事业部总经理 Gustavo Salem 谈到：“随着GeneSpring 12.0 的发布，安捷伦再次实现了一直以来的承诺，提供先进的仪器和功能强大的软件，帮助系统生物学研究人员取得研究成果。GeneSpring 生物信息学软件套装集复杂分析、可视化和数据管理于一体，让新一代整合生物学研究成为现实。”

　　从现在起到 8 月 17 日截止，所有客户均可免费测试集成了新型通路构建模块(Pathway Architect module)的 GeneSpring 12.0 。

　　GeneSpring 12.0还包含可以用于新一代测序数据分析的 NGS 模块。NGS 模块经过设计和测试，可与安捷伦 SureSelect 靶向序列捕获平台联用，也可用于不采用靶向序列捕获的新一代测序实验。质量控制(QC)管理工具是 NGS 模块的一个重要组成部分，为研究人员提供了针对靶向序列捕获结果图形化、测序碱基质量、序列比对以及拼接等环节质量控制的工具。GeneSpring NGS 模块中的 DNA-SEQ 工作流程，包括可以用于已知和未知变体鉴定和特征图谱分析、SNP标注、SNP 效应预测、结构变异检测的工具。RNA-SEQ 工作流程，则支持在绝对和相对空间进行 mRNA 特征图谱分析，可以实现基因和剪切变异体的检测和差异表达分析。该工作流程包括用于新基因和外显子检测、基因融合分析以及复杂的统计和通路分析的工具。

　　安捷伦的全新生物信息学软件GeneSpring 12.0，能够帮助对新一代测序生物信息学没有经验的的生物学家，通过工作流程向导轻松实现测序数据的管理和分析。生物信息学中心也可以使用该软件，简化数据的分组、分类和研究过程。GeneSpring 12.0 还可以结合安捷伦免费的 eArray portal 使用，用户通过简便易用的界面就可以完成定制实验。

　　整合来自不同组学技术的数据是系统生物学研究的重要组成部分，涉及在相同或非常相近的生物样品中检测不同生物学组分的丰度。研究人员可使用 GeneSpring 通路构建模块对几乎所有的生物学组分进行通路水平的联合分析。这些生物学组分包括转录本、剪切变异体、变异分析得出的受影响基因组合、代谢物以及蛋白质。

　　GeneSpring 通路构建模块，能够帮助科学家观察和分析人工注释的通路内容。该功能通过WikiPathways公众数据库，来完善建立、注释和查询生物通路方面的信息。用户还可以通过连接另一个公众数据库 BridgeDB ，实现在多个公开和专有注释数据库中进行生物标记物的比对分析。任何单组学实验的原始数据都可以合并到多组学实验当中，通过联合分析，找出在许多生物学过程中均涉及的具备显著统计学意义的通路，例如信号传导、疾病恶化或毒性等。

　　GeneSpring 12.0 的定制化功能现已支持 Jython 和 R 编程语言。通过嵌入式脚本编辑器，生物信息学科学家可在 GeneSpring 12.0 的编程框架中编写、执行和保存自己的算法和工作流程。

　　GeneSpring 12.0 由安捷伦与 Strand Scientific Intelligence 公司联合研发，基于 Strand 的 Avadis技术平台，该平台专门为科学家简化和应对复杂的生命科学挑战而设计。