宏观进化可能以两种方式出现：
一是通过对微观进化过程进行推论。
微小进化在孤立的种群中经历足够时间，最后形成新物种。
二是突然迅速变化。这一理论-间断平衡-由Stephen Jay Gould提出，它基于有机体中存在关键基因的事实（例如homeobox)，它们小的变化可产生有机体巨大的变化，并导致新物种迅速形成。
