要准确的进行定量必须绝对的避免非特异性扩增，而杜绝的办法就是使用热启动的taq酶，在DNA预变性的那步通过高温灭活结合在酶上的抗体来实现酶的激活。不过，做荧光定量用的试剂貌似都是mastermix吧，里面的酶似乎没有太大的选择余地吧，而且，一般的定量讲究的是迅速，而不是保真度，而且由于使用两步法PCR，复制子也会降低到150bp以下，貌似扩增长片段的酶也用不着吧。如果你的意思是说用了不同公司的荧光PCR MasterMix的话，那结果不一样式很正常的，qPCR的重复性本身就不好，特别是相对倍数，