（1）腹痛 在疼痛发作期，治疗方法近似于对急性胰腺炎的处理。对于小儿慢性胰腺炎控制疼痛很重要，但有时却很困难。可以用甾体类或非甾体类抗炎药；补充胰酶以抑制胆囊收缩素的分泌。在间歇期患儿无明显的疼痛，可只对症处理。
（2）假性囊肿 小的假性囊肿一般可以自行消失，也可以长期存在而无症状。如果囊肿体积较大，6周以上仍然没有缩小的趋势，应行引流治疗。引流的方法有多种，可在B超或CT的引导下穿刺引流，也可手术引流。
（3）糖尿病 小儿慢性胰腺炎合并有糖尿病时通常为轻度，酮症酸中毒很少见，如果尿糖的含量很高则需要治疗，需相对小剂量的胰岛素来维持血糖水平。