对角线电泳有一定缺点：
(1)检测低丰度蛋白的敏感性不够；
(2)一些分子量过大(>200 kDa)、极酸性或极碱性蛋白在电泳中会丢失；
(3)高疏水性蛋白或不溶性蛋白得不到较好的检测；
(4)重复性问题。
