细菌感染（20%）：
细菌性肠炎的致病菌以痢疾杆菌最常见，其次为空肠弯曲菌和沙门氏菌。
病毒感染（20%）：
在病毒性胃肠炎中，轮状病毒是婴幼儿腹泻的主要病因，而诺瓦克病毒是成人和大龄儿童流行性病毒性胃肠炎的主要病因。
寄生虫感染（15%）：
寄生虫引起的肠炎以溶组织内阿米巴较为常见。
真菌感染（15%）：
真菌性肠炎以白色念珠菌引起的最多。
其他因素（10%）：
休息无规律和精神过度紧张也是引起此病的一个原因。
