应结合临床表现，实验室检查，X线，内镜检查及组织学检查进行诊断。
根据典型症状，反复检查粪便排除病原体感染，且充分抗生素治疗无效者，应高度怀疑本病，可以结肠镜或X线检查所见作为依据，但必须结合临床与自身免疫疾病进行仔细鉴别后才能确诊。
本病的完整诊断应包括临床类型，严重程度，病变范围及病变分期。
