常规做B超、X线片和脑CT等影像学检查，常发现全身淋巴结肿大，发现肺部炎症病变，发现明显的中枢神经系统占位性病变等。
肺部感染是常见并发症和死亡的主要原因，主要是PCP、LIP、细菌性肺炎和肺结核。PCP是婴儿期艾滋病最常见的机会性感染，胸部X线摄片显示初期在肺门周围出现网状、絮状和条索状糢糊阴影，随着病情进展，出现小片状模糊阴影和类结节状阴影，亦可融合成较大的片状阴影。类结节状阴影常为多发性。肺部病变一般自两肺门沿支气管向外周发展，两肺尖和肺底很少受累或受累较轻是本病特点。
LIP的早期可无症状，有双侧肺部阴影。双肺纹理增多或网点状阴影，肺底明显呈羽毛状，晚期为肺间质纤维化，呈蜂窝肺影。
中枢神经系统的感染可引起严重弥漫性或局灶性感染，引起脑病的临床表现，如运动异常和痉挛，也引起神经根神经病和脑卒中。