结果:
图1显示的是校正之前的完整的熔解峰显示。 从低温和高温内标及扩增子熔解的中部区分熔解信号。

图1:派生熔解曲线显示校准和扩增子的熔解峰。左边和右边的峰是校准内标的峰。94的熔解剖面图,接近76℃,从独立的PCR反应中生成。校准分子没有对其,纯合子的扩增峰没有清楚的分开。中部最窄且高的峰是CPS1A/T多态的A/A(蓝色)和T/T(红色)纯合子基因型。添加的颜色以以前探针基因分型为基础,并不是以小片段基因分型数据为基础。较宽的中间峰形成A/T杂合子。在这个插图,显示放大峰的顶端。

图2:
用内标改进的派生熔解峰。在板子上显示荧光信号,板子包括了94个独立的关于CPS1、OTC、MSH2和PAH变化的PCR反应。CPS1双峰杂合子在校准之前就很容易区分(图2a)。相反,OTC杂合子(图2c)只显示了一个明显的峰,在校准之前很难决定。分析内标数据可以容易的确定基因型,在复制反应中可以清楚的观察到不同的基因型。

表1:从4块板中的1块复制板对比每个目的基因校准前和校准后的Tm值分离。就一切情况而论,校准后Tm值变低。可以从校准后低的标准差和非交叉范围看出。
表1:
每个扩增板包括同样集合的47个基因组DNA样本(94个独立的PCR反应)。以临近参数为基础,列出所有纯合子的预测的Tm值。杂合子的Tm值没有包括在内,因为他们是,一般而言,在我们系统中可以不用内标就可以基因分型。观察值的Tm值比理论值高于5-7℃。
在某种程度上,LC
Green染料可以使DNA:DNA杂合更稳定。虽然,没有内标的基因型分类是比较粗糙的,未校准的和校准之后的平均Tm值明显不同(p<0.001,非参数,U检验法)。
CPS1和OTC
PCR产物,临近分析预测纯合T/T和A/A扩增子的Tm相同。但是,对于两个目的基因,两个纯合子组之间的平均Tms是不同的,即使没有经过校正。尽管如此,校正T/T和A/A纯合子之间的重叠之前,如图示Tm值的范围。校正之后,T/T和A/A纯合子之间无重叠,显示基因型分离。MSH2和PAH小片段产物,临近分析预测包括纯合子之一的扩增子之间Tm值有微小的不同。在校准之前分析两种变化显示粗糙的基因分型。校正之后,确定纯合子的类型。表2显示的是纯合基因型的错误称呼。

表2:经验数据显示校正敏感性的效果。敏感性本质的改进可以在校正数据中显示。错误称呼以相近的Tm值为基础,不是文章中解释的Lightsanner软件称呼。图示每个小的目的片段扩增子生成的误称预测。
*没有指定OTC T/A的rs数目。
软件自动称呼
随后的工作考虑到Lightsanner商业软件之内运算法则发展,自动分配样品到相似形状的组,这种以形状为基础的基因分型不需要已知Tm值。在一个喜欢的方式以Tm值为基础证实基因型之前,这种以形状为基础的称呼得益于校正。图3显示的是改进扫描CPS1小扩增子产物的板的结果。

图3:校准改善Lightsanner商业软件自动化软件称呼。每个屏幕截图在上部显示校正熔解曲线,在下部显示不同的平面图。此外,可以看到分组情况。屏幕截图左上部图中的红色、蓝色和灰色应该重复模仿1-6列与7-12列的对比。在这个资料组中,我们在校准之前获得敏感性是92%,校准之后的敏感性是100%。
校准减少Tm值反应体积的依赖
预期Tm值依赖反应体积,因为96孔板的孔中更多的热质量,包含了更多的mastermix或矿物油阻挡热量转移。这对升高表面Tm值有影响。我们用OTC
小扩增子检测在mastermix体积之上的Tm依赖性,体积在7.0-12.5ul之间以0.5ul增量增加(仪器厂商推荐10ul),Tm值的依赖性在校正之前是牢固的(slope=+0.069,R2=0.798),但是校正之后就不一样了(slope=-0.001,R2=0.066)(如图4)。体积不同Tm值不同的效果用校准器有效的排除。
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图4: 在校准之前和之后Mastermix体积变化对Tm值的影响。扩增47个样本,评估OTC基因c.299-8T>A变化。准备好的PCR反应液包括1ul模板DNA,体积变化的Mastermix,从7.5至12.5ul,每步增加0.5ul。 板A显示的是校正之前的熔解,有明显的变化。板B显示的校正之后的熔解,减少了变化。板C显示的是校正之前Tm值对Mastermix体积的的依赖性,扫描了反应的35个T/T纯合子样品。校正之后,可以观察到两件事情:1)压缩误差线,指示减少变化。2)斜率和R2值明显减少,显示Tm值与Mastermix之间的小的关系。与每个反应体积相对应的样品分布在板的一些地方,清除了依赖于板的位置的依赖性。
结论
小片段熔解是一种简单的基因分型方法,不需要后续PCR操作。因为一些原因,小的扩增子适合基因分型。但是,没有校正也可以成功区分纯合子基因型,这不仅取决于采集的高分辨率熔解数据,也与样品之间的buffer、体积和抽提的一致性有关。校准器有效的去除了很多混杂变量。授给较好的,相对稳定的可以测量的、附随的更好的纯合子基因分型。