★ 强大、无偏且低成本的4D-蛋白质组学技术应用于超高特异性的蛋白质鉴定与定量，可实现高置信度的大规模血浆蛋白质组学分析。
★ 每种细胞系可以鉴定超过10万条多肽，每种蛋白质鉴定对应超过10条多肽，高序列覆盖率显著提升蛋白鉴定置信度，实现超高特异性的蛋白质组学分析（HiFi Proteomics）。
A 全新diagonal-PASEF®采集模式，可应用于免疫肽组学和蛋白翻译后修饰分析。
B 100美元即可实现高置信血浆蛋白质组学，使用PreOmics ENRICH™试剂盒和稳健的timsTOF HT质谱平台，可以进行深度、无偏的大规模血浆蛋白质组学研究，特异性高达99%（1% FDR）；与此同时，Biognosys推出了P2富集策略和Spectronaut® 19数据分析整体服务，用于超高深度血浆蛋白质组学，可鉴定出7000-9000种蛋白质；也可选择整合Alamar Bio公司的超高灵敏度NULISA® inflammation和CNS multiplex panel 试剂盒。
C 结合Glyco-PASEF®数据采集模式、ENRICHplus试剂盒和GlycoScape™分析软件可在timsTOF Ultra 2上实现超高灵敏度血浆糖肽分析。
D 基于机器学习加持的TIMSrescore™算法可以提升免疫肽组学和蛋白翻译后修饰鉴定数目；同时可以实现超高置信宏蛋白质组学研究（0.1% FDR）。
E 整合蛋白质组学、脂质组学和代谢组学分析视角，推动4D-多组学技术的发展。
2024年10月21日德国德累斯顿 —— 布鲁克（纳斯达克股票代码：BRKR）在第23届人类蛋白质组组织世界大会（HUPO 2024）上，发布了其在深度、无偏和高灵敏度4D-蛋白质组学方面取得的进展，将为稳健、高置信度、大规模的组学研究提供帮助。
A diagonal-PASEF®显著提高特异性和蛋白质组学鉴定深度
2023年, Dr. Matthias Mann（德国马普所）和Dr. Stefan Tenzer（美因茨大学）两位关键合作者，利用扫描四极杆和捕集离子淌度技术（TIMS），开发了全新的diagonal-PASEF®扫描技术，他们还分别开发了synchro-PASEF®和midia-PASEF®技术。在布鲁克及合作伙伴的共同努力下，现在Spectronaut®19、DIA-NN 1.9、MaxQuant 2.6.3和midiaID软件可以支持不同采集模式原始数据解析。
Synchro-PASEF®凭借更高离子利用率、更短循环时间、多达3倍的信号强度提升等优势，可以实现高通量数据采集，同时确保定量精度。midia-PASEF®通过提取类似DDA的谱图进行从头测序分析，并对海量数据库进行搜索，从而给出更高置信度的免疫肽组学和翻译后修饰信息。
Dana-Farber癌症研究所（哈佛医学院）的Jarrod Marto博士参与了midia-PASEF®的早期研究，他评论道：“我们的实验室利用timsTOF质谱平台来了解基因组改变或小分子探针如何在功能蛋白质组中发挥作用。我们的评估结果非常好，现在正在探索midia-PASEF®在翻译后修饰以及MHC领域用于肽段定量分析的潜力。”
B 100美元级别的高深度高置信度血浆蛋白质组分析
布鲁克公司引领高深度、无偏的血浆蛋白质组分析，具有高通量、高置信度优势，并为大规模研究提供经济可行的研究方案。PreOmics ENRICH-iST或ENRICHplus试剂盒、timsTOF HT稳健且准确（99%特异性，1% FDR）的蛋白质鉴定与Spectronaut®19相结合，可实现高深度、无偏、高置信度的大规模血浆蛋白质组学研究，每个血浆样品的成本可低至100美元。[PreOmics]
生物制药公司可以通过Biognosys提供的研究服务，使用其专有的P2超深度血浆富集技术，在血浆蛋白质组研究中实现7000种蛋白质的鉴定深度，在较低通量下可达9000种。[Biognosys]
C timsTOF Ultra 2 高灵敏度血浆糖肽分析
布鲁克公司推出的glyco-PASEF®糖蛋白质组学数据采集模式针对超高灵敏度的timsTOF Ultra 2对人类血浆样本进行了优化。新方法结合ENRICHplus试剂盒，能让鉴定的糖肽数量翻倍，后续可使用GlycoScape™软件进行集成的深度糖生物学分析。
D 高序列覆盖率及基于机器学习加持的TIMSrescore™新算法
timsTOF质谱平台现在可以在20分钟内，从人类细胞系蛋白质组学中鉴定出超过10w种肽段，且进样量小于1μg，平均每个蛋白鉴定对应超过10条多肽，具有超高序列覆盖率，这对于可靠的鉴定和定量、异构体分析、翻译后修饰以及免疫肽组学和宏蛋白组学至关重要。
布鲁克公司与根特大学Lennart Martens博士团队共同开发了TIMSrescore算法。借助机器学习技术分析碰撞截面、保留时间和碎片离子强度，TIMSrescore可为dda-PASEF®提供高置信度的肽段鉴定。在蛋白质翻译后修饰和宏蛋白质组学分析中，超高置信度和卡值条件（99.9%特异性和0.1% FDR）对于区分高度相似的蛋白质尤为重要。
根特大学医学中心生物信息学副主任Lennart Martens博士表示：“我们的团队很高兴看到蛋白质组学界对于TIMS²Rescore的认可。通过与布鲁克ProteoScape™软件集成，将MS2rescore扩展到timsTOF用户端，使我们基于机器学习的信息能够最大化4D-蛋白质组学的价值”。
E 蛋白质组和代谢组的多组学可视化工具
布鲁克公司的ProteoScape™软件现在提供来自MetaboScape®代谢组和脂质组的4D-多组学数据可视化和统计分析。用户可实现降维（如PCA、LDA或t-SNE）和差异分析，以及直观的可视化，例如交互式多组学火山图。
牛津大学副教授Roman Fischer博士评论道：“我们使用timsTOF进行蛋白质组和脂质组研究。ProteoScape™和MetaboScape®的实时分析能力非常强，能够将数据转化为生物学信息。布鲁克现在通过交互式多组学可视化和统计分析整合了这两个领域，向前跨越了很大一步。”
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