序列比对之Clustalx与Clustalw使用指南

这几天实验需要做多序列比对，很久不做了，一时之间不知道如何使用clustal这个工具了。在网上搜集了一些资料，做个整理，总结了Clustalx和Clustalw的使用，省得以后久不使用又生疏了，又要去整理了，在此分享给大家，希望有所帮助。

1.先提供下载地址：

Clustalx、Clustalw的各种最新版本都能下载到，包括linux、Win、Mac...

2.原理：序列同源性分析：

是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种 的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序包有CLUSTAL等;

Clustal是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具，由Higgins D.G.等开发。有应用于多种操作系统平台的版本，包括linux版，DOS版的clustlw，clustalx等。

CLUSTAL是一种渐进的比对方法，先将多个序列两两比对构建距离矩阵，反应序列之间两两关系;然后根据距离矩阵计算产生系统进化 指导树，对关系密切的序列进行加权;然后从最紧密的两条序列开始，逐步引入临近的序列并不断重新构建比对，直到所有序列都被加入为止。

3.操作

3.1 Clustalx的操作

第一步：输入序列文件。

第二步：设定比对的一些参数。

参数设定窗口。

第三步：开始序列比对。

第四步：比对完成，选择保存结果文件的格式

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3.2 Clustalw的使用(一)

第一步：按屏幕提示选择1，输入序列文件

注意：请把你需要比对的多条序列合并为一条，放在一个文件中

第二步：选择保存文件的形式，按提示选择，你会的!

第三步：参数设置好后，按Enter返回主界面，开始比对!