在该实验中,每次调查扫描执行15次并行MS/MS实验。如图3所示,结果表明将DDA与HD-DDA对比时,MS/MS总离子流(TIC)的增加与MS/MS通道数呈函数关系。每次运行的平均增加量为420%,与图2中所示结果一致。插图是15次MS/MS通道的示例,证明了可从样品中存在的较低丰度的肽中轻松获取具有良好信噪比的MS/MS数据。
图4中显示了采用HD-DDA对相同的大肠杆菌样品进行自下而上的LC/MS蛋白质组学实验可增加灵敏度。A图展示了肽序列匹配数量的增加。B图中的维恩相交图将蛋白质鉴定数量进行了对比。从中可观察到鉴定的肽数量(34.8%)和蛋白质数量(42.8%)均有显著增加。
图5显示了一个更具挑战性的样品的搜索结果。此处汇总了海拉细胞胰蛋白酶消化物分析的PLGS搜索结果。总共有2200多种蛋白质被鉴定为超过95%的鉴定置信度阈值。在该实验中,谱图鉴定率为38%。
结论
■ HD-DDA宽带增强通常可使信号增强5至10倍
■ 低丰度物质/肽的谱图数据质量得到显著提升
■ MS/MS谱图获得正确匹配的比例大大增加
■ HD-DDA数据的鉴定数量增加是灵敏度提高和谱图质量改善的直接结果
参考文献
1. Giles K. Travelling wave ion mobility. Int J Ion Mobility Spectrom. 2013; 16(1):1-3.
2.
Rodriguez-Suarez E, Hughes C, Gethings L, Giles K, Wildgoose J,
Stapels M, Fadgen K, Geromanos SJ, Vissers JPC, Elortza F, Langridge
JI. An Ion Mobility Assisted Data Independent LC-MS Strategy for
the Analysis of Complex Biological Samples. Current Anal Chem. 2013
April; 9(2):199-211.
3. Perkins DN, Pappin DJ, Creasy DM, Cottrell
JS. Probability-based protein identi?cation by searching sequence
databases using mass spectrometry data. Electrophoresis. 1999 Dec;
20(18):3551-67.
4. Wildgoose, et. al. A comparison of methods of improving the duty cycle on orthogonal TOF mass analyzers. ASMS 2005.
5.
Searle BC. Scaffold: a bioinformatic tool for validating MS/MS-based
proteomic studies. Proteomics. 2010 Mar; 10(6):1265-9.