异维A酸红霉素凝胶的副作用可能包括局部的刺痛、灼热感、红斑和脱皮。这些症状通常会随着继续用药而自动消失。如果在使用过程中出现严重的刺激作用，应暂时停止使用药物，待刺激反应减轻后再继续使用。如果刺激反应持续出现，则应停止治疗。
此外，使用该凝胶还可能出现皮肤干燥和脱皮现象，这是因为异维A酸成分调节上皮细胞生长和分化，抑制角质形成细胞增生，上肢角质栓塞，抑制皮脂腺分泌及皮脂生成。
