1.细菌性痢疾
典型菌痢有高热，腹痛腹泻，脓血便，腹痛位于下腹或左下腹，左下腹明显压痛，且有肠索，伴明显里急后重，粪检有较多脓细胞，吞噬细胞，重者常脱水，这都有利于和本病区别。
2.其他细菌所致腹泻
如鼠伤寒，致病性大肠杆菌，耶氏菌，亲水气单胞菌，其他厌氧菌等，单从临床有时很难鉴别，怀疑时应依靠病原学和血清学来确诊。
3.肠道外感染者
须与沙门菌病及布氏菌病鉴别。
