影响化学键合相色谱仪保留值的因素有溶质结构、烷基键合固定相特性、溶剂性质、无机盐的影响和PH值等。
一、溶质结构：
1、正相：溶质极性越强，官能团越多，保留值越大。
2、反相：溶质极性越弱，疏水性越强，保留值越大。溶质的保留值与其分子非极性部分的总面积有关，面积越大，保留值越大。
二、烷基键合固定相特性：
反相：键合相烷链越长，k越大，选择性越好。
三、溶剂性质：
1、正相：溶剂极性越弱，保留值越大。
2、反相：流动相表面张力越大，介电常数越大，极性越强。其斥力越大，溶质与固定相键合越强，保留值越大。
四、无机盐的影响：
通常加入醋酸盐、硼酸盐和硫酸盐等。
无机盐使流动相表面张力增大，对非离子性溶质，使k增加；对离子型溶质，k下降。对碱性有机物有改善峰形的作用。
五、PH值：
加入酸、碱或缓冲液，控制PH值，抑制溶质的离子化，改善峰形。