近10年来,已从不同属的真菌、细菌和放线菌中克隆和测序的果胶酶基因至少有70个(表1),其中来自真菌的超过40个,且大多是多聚半乳糖醛酸酶基因。从中克隆到果胶酶基因的真菌主要有曲霉菌、炭疽菌、镰刀菌和灰霉菌等。例如目前已从黑曲霉(Aspergillus niger)中克隆到6个多聚半乳糖醛酸酶基因,6种endo-PGs之间的氨基酸序列同源性达58%~68%。草莓灰霉(Botrytis cinerea) 的6种endo-PGs的氨基酸序列同源性达34%~73%,聚类分析表明分属于3中不同的单系群体。在细菌中,对欧文氏杆菌的果胶酶基因研究较多,已经从菊欧文氏杆菌中克隆了8个果胶裂解酶基因和2个果胶酯酶基因,8个果胶裂解酶基因之间的氨基酸序列有很高的一致性,但Pell与其他7个不同,它自成一个转录单元。产生果胶酶的酵母菌株比较少,从酿酒酵母中克隆到的果胶酶基因是内切多聚半乳糖醛酸酶基因PGL1和PGU1,在基因组中均是单拷贝存在的。
真菌果胶酶基因的开放阅读框绝大多数被内含子分割。曲霉菌的果胶酶基因均含有内含子, 多数为3-4个,最多的达7个,如A.tubingensis的多聚半乳糖醛酸酶基因pgaX 。除Bcpgl不含内含子外,草莓灰霉的其他5个endo-PGs基因均含内含子。微生物果胶酶基因的表达与调控许多微生物果胶酶基因已在酵母菌中被正确表达。如茄镰孢豌豆专化型pelB、pelC和pelD的cDNA转入巴斯德毕氏酵母(Pichia pastoris)可以表达。果胶酶一般受果胶、植物维管组织、低浓度的(0.1%)D一半乳糖醛酸、半乳糖诱导,受葡萄糖、较高浓度(1%)的半乳糖醛酸、抗体、某些抗菌素(如阿莫西林)、植物的PG抑制蛋白(PGIP)抑制。有些果胶酶基因组成型表达。

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