微生物（Microorganism, microbe）一词并非生物分类学上的专门名词，而是指大量的、极其多样的、不借助显微镜看不见的微小生物类群的总称。因此，微生物通常包括病毒、细菌、真菌、原生动物和某些藻类，它们的大小和特征见表1-1。
表1-1.微生物形态、大小和细胞类型
微生物 大小近似值 细胞特征
病毒 0.01～0.25μm 非细胞的
细菌 0.1～10μm 原核生物
真菌 2μm～1m 真核生物
原生动物 2～1000μm 真核生物
藻类 1μm～几米 真核生物
但是有些例外。如许多真菌子实体、蘑菇等常肉眼可见；相同的，某些藻类能生长几米长。一般来说，微生物可以认为是相当简单的生物，大多数的细菌、原生动物、某些藻类和真菌是单细胞的微生物，即使为多细胞的微生物，也没有许多的细胞类型。病毒甚至没有细胞，只有蛋白质外壳包围着的遗传物质，且不能独立生活。