微量热泳动仪MST分析幽门螺杆菌DprA结合单链DNA结构模型

细菌间的自然转化（NT）是一个复杂的过程，包括结合，吸收，运输和将外源DNA重组到染色体中，因此产生了基因多样性并推进了进化。DNA加工蛋白 A（DprA）几乎存在于所有细菌种类中，其主要参与结合内部单链DNA和在NTs期间促进RecA结合到ssDNA上。

这篇文章分别介绍了幽门螺杆菌 DprA蛋白结构域，以及其与ssDNA复合物的结构。复合体结构首次显示了保守DprA结构域是怎么与ssDNA结合的。以结构比较与结合实验为基础。

文章提出了一种独特的ssDNA结合模型：HpDprA的二聚体，通过DprA结构域上两个小型的，带正电荷的结合口袋，与ssDNA结合，结构域由典型 的Rossmann折叠形成，并且关键氨基酸Arg52经过重新定位，以打开口袋，从而适应一条ssDNA的碱基，最终使HpDprA能以很高的亲和力抓 住底物。

为了得到HpDprA-ssDNA复合体的准确亲和力数据，由中国科学院生物物理研究所王大成院士领导的生物大分子国家重点实验室使用MST技术得到了全 长HpDprA与HpDprA(5-225)分别和dT35的解离常数(Kd)。

通过Nanotemper公司的微量热泳动仪MST测量出全长 HpDprA与dT35的解离常数(Kd)为2.26±0.167nM，HpDprA(5-225)和dT35的解离常数(Kd)为30.6±0.998 nM。EMSA和MST数据都显示了全长HpDprA与dT35的亲和力高于HpDprA(5-225)和dT35的亲和力，可能是由于多出的C-端结构 域起作用。

“我们目前致力于重要病原菌致病关键蛋白质的结构功能和分子机制和一些内源性疾病的蛋白质结构功能基础等方面的研究。通过 MST，我们测量了蛋白质-DNA相互作用，而我们的样品很难通过其他传统方法（例如SPR和ITC）来测量，因为我们的样品构象对固定很敏感并且热量变 化极小。

所以在这些研究领域，MST技术能够很好地与传统的技术互补。我们非常推荐MST技术的一些特点，如低样品使用量、很短的测量时间以及在分子间相 互作用方面很广泛的应用。”
——中科院生物物理所王大成院士给予MST技术很高的评价