乙型溶血性链球菌为急性腭扁桃体炎的主要致病菌。非溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎双球菌、流感杆菌及腺病毒等也可引起本病。细菌和病毒混合感染者亦较多见。近年来，还发现有厌氧菌感菌感染病例。
上述病原体存在于正常人的口腔及扁桃体内而不会致病，当某些因素使全身或局部的抵抗力降低时，病原体方能侵入体内，或原有细菌大量繁殖而致病。而受凉、潮湿、疲劳过度、烟酒过度、有害气体等均可为诱因。有时则为急性传染病的前驱症状，如麻疹及猩红热等。急性腭扁桃体炎往往是在慢性扁桃体基础上反复急性发作。
急性腭扁桃体炎的病原体可通过飞沫、食物或直接接触而传染，故有传染性。