由于恒温核酸扩增只需要在一个温度下进行，相比较于PCR不同温度之间的循环，恒温扩增不需要反复的升温降温过程，有些恒温扩增的速度是快于PCR的扩增速度的。例如：环介导恒温核酸扩增（LAMP），重组聚合酶扩增法（RPA）以及切刻内切酶恒温扩增（NEAR）。目前英国公司optigene已经成功的改造了传统的核酸置换酶，使有些LAMP为基础的恒温扩增试剂盒可以在15分钟内完成检测。
