慢性肠炎的原因有很多，如细菌、霉菌、病毒、原虫等微生物感染，过敏、变态反应等原因所致。
另外，长期过度疲劳、情绪激动、过度精神紧张，加以营养不良，咀嚼障碍、胃酸缺乏、胃大部切除术后、肠道寄生虫病等，均可导致疾病发作。
