手术切除卵巢的残余物仍是主要的治疗方法，既可进一步明确诊断，又可做到彻底治疗。10%～30%的ORS患者于术中不能完全切除卵巢残留组织，8%～10%的ORS患者术后仍有复发。可能手术时应仔细分离后腹膜，暴露输尿管及主要血管，以便完全切除残余的卵巢组织。由于卵巢残余综合征往往发生于困难手术或多次手术后患者，盆腔粘连显著，需广泛分离，故手术时间较长，失血量较多，手术并发症亦较多，如输尿管和肠道的损伤。有的病例因致密粘连而行肠切除及肠吻合术，有的因输尿管损伤而行输尿管膀胱吻合术，有的行探查性膀胱切开术。对有泌尿道症状者术中作膀胱镜和逆行肾盂造影术，并在探查卵巢残余物前置输尿管导管，以避免损伤输尿管。腹腔镜或剖腹探查的选择应根据手术困难的程度和手术者的经验而个体化。