仅用在有并发症和手术指征的患者。
（1）手术方法与指征 ①肾脏病变切除术 全肾切除术适用于一侧肾病变严重，而对侧肾功能无明显损害者。一侧肾脏病变严重，同时有膀胱挛缩及对侧肾盂积水，肾功能正常者，仍可先行肾切除，若有肾功能不全，可先做简单的尿引流手术，使肾功能恢复正常，然后再做肾切除术。对局限于肾脏一部分的病变，且与肾盂相沟通者，药物治疗大多能治愈，极少或只需要做部分肾切除。②肾病灶清除术 适用于肾结核的闭合性脓腔，由导管注入异烟肼（5%）、利福平（1%）或链霉素。最大限度地保留功能性肾组织。③纠正上尿路梗阻 经化疗梗阻仍持续存在，可行肾盂成形术或输尿管再植术等。④膀胱挛缩的手术处理 严重膀胱挛缩可行肠、盲肠或结肠膀胱成形术。⑤双肾结核引起终末期肾衰竭 血液净化或肾移植。
（2）手术禁忌证 ①双肾严重病变。②全身情况不良，或有肾外结核仍处于进展期。③单侧肾结核可由化疗治愈者。