手术治疗空肠溃疡应去除病因，方能治愈。术式的选择应个体化，根据首次术式并结合病因合理选择。
（1）首次术式为单纯胃空肠吻合者：宜改行胃大部切除术或迷走神经干切断术加行胃窦切除术。
（2）首次术式为胃大部切除者：如胃切除范围不足，应首选迷走神经干切断加胃再切除术。如胃切除范围已达75%，无胃窦残留，则行迷走神经干切断术。如有胃窦残留，则须切除。如空肠输入袢过长，应予纠正重建吻合口。
（3）首次术式为迷走神经切断加胃引流者：应改行迷走神经干切断加胃窦切除术。若胃窦切除有困难，则可行单纯迷走神经干切断术。
（4）首次术式为高选性迷走神经切断术：则可改行胃大部切除术或迷走神经干切断加胃窦切除术。
（5）如系胃泌素瘤或甲旁亢者，则行相应的手术去除病因。