离线数据分析是指脱离扫描过程之后的针对保存下来的图象数据的各种分析与处理工作。常用的图象分析与处理功能有：平滑、滤波、傅立叶变换、图象反转、数据统计、三维生成等。
⑴平滑，平滑的主要作用是使图象中的高低变化趋于平缓，消除数据点发生突变的情况。
⑵滤波，滤波的基本作用是可将一系列数据中过高的削低、过低的添平。因此，对于测量过程中由于针尖抖动或其它扰动给图象带来的很多毛刺，采用滤波的方式可以大大消除。
⑶傅立叶变换，快速傅立叶变换对于研究原子图象的周期性时很有效。
⑷图象反转，将图象进行黑白反转，会带来意想不到的视觉效果。
⑸数据统计，用统计学的方式对图象数据进行统计分析。
⑹三维生成，根据扫描所得的表面型貌的二维图象，生成直观美丽的三维图象。
大多数的软件中还提供很多其它功能，综合运用各种数据处理手段，最终得到自己满意的图象。
