拓扑异构酶I，属于第一型拓朴异构酶。(PDB1a36) 拓朴异构酶II，属于第二型拓扑异构酶。
拓朴异构酶可依据其作用方式，而分为两种类型：
第一型拓朴异构酶（Type I topoisomerase）：可将一条DNA双股螺旋完全包覆，并以破坏磷酸双酯键的方式切断其中一股DNA，使其产生一个小缺口，此时另一股完整的DNA将会穿过此缺口，之后通道重新黏合。属于这类型的有拓朴异构酶I（topoisomerase I）与拓朴异构酶III（topoisomerase III）等。
第二型拓朴异构酶（Type II topoisomerase）：可将一条DNA双股螺旋上的两股DNA皆切断，产生缺口，使另一条双股螺旋能够穿过此缺口，之后再将通道重新黏合。属于这类型的有拓扑异构酶IIα与拓扑异构酶IIβ等。
两种类型皆可改变DNA的环绕数（linking number）。