由于包含体的特性，很难利用物理的方法去探测包含体中蛋白质肽链的结构。
Zetlmeissl等人利用圆二色的方法，发现聚集体的肽链保持了部分的二级结构。
利用Raman测定的方法也得出了相同的结论。
利用ATR-FTIR发现包含体蛋白质的结构比天然的蛋白质和盐沉淀的蛋白质含有更多的非天然状态的折叠的结构。
Murry等人利用免疫学的方法测定色氨酸合成酶的亚基，蛋白质复性以后，出现三种形式的蛋白质：一种是不溶的高分子量的聚集体，一种是可溶的复性完全的蛋白质，一种是可溶的低分子量的聚集体，最后一种聚集体同天然的蛋白质一样有免疫活性，可以与两种单克隆抗体结合，但是天然蛋白质的另外三种抗体不与它结合，说明了即使没有复性，聚集体仍保持了部分的近似天然的结构状态。