DNA上蛋白质的结合部位，如一种操纵基因，如何能够鉴定出来呢? 原来操纵基因是靠阻遏物的专一结合以免除核酸酶(nuclease)的攻击的，通过DNA片段的分离与序列测定，即可确定其结构。但是这是一件极吃力的工作。
利用限制性内切酶可以确切分离出蛋白质所接触的部位的片段，就可以鉴定操纵基因的结构，与测定DNA序列的化学法相似，测定操纵基因的基本原则是：如果一条DNA片段被放射性原子所标记，这条链中任何断裂部位从所产生的标记片段的大小即可推导出来。
DNA片段的大小可以用高分辨的聚丙烯酰胺凝胶电泳所确定。这种方法称为足迹图法(foot-printing method)，这是仿照用纸层析鉴定蛋白质的指纹图法(finger printing method)命名的。结合部位靠结合蛋白使核酸酶的酶切作用被保护而不被切割。靠这种方法可以了解蛋白质在何处与DNA的糖磷酸酯骨架上的碱基及磷酸进行特殊接触。