RIA虽然有很多优点，但也存在不少缺点。
例如：
①试剂的半衰期段，费用较高，需要用闪烁计数仪等专门的设备；
②放射性核素对人体存在着一定潜在的危害性；
③试验废物处理困难；
④放射性核素标记有时会改变某些生物物质的生理活性。
