根据梗阻发生的原因，可以分为机械性肠梗阻和麻痹性肠梗阻两类。前者临床最常见。
1. 消化道畸形
胚胎发育阶段发育不全导致新生儿消化道畸形可造成机械性肠梗阻，如先天性肠闭锁、先天性肠狭窄、十二指肠闭锁、先天性巨结肠、先天性肠旋转不良、肠粘连等。
2.动力性肠梗阻
新生儿还可因肠管神经功能异常引起肠管蠕动功能紊乱，产生动力性肠梗阻。梗阻可发生在肠管的任何部位，可由于肠腔病变，如肠管里的粪块堵塞；肠壁本身病变如肠壁发炎、水肿导致狭窄、肠壁肿瘤、肠管套叠或肠管外的因素等。
