日本国家科技创新政策的特点是“以科研体制改革为主线”，这和我国经常提到的科技管理体制改革如出一辙，也许能给我们提供某种借鉴。
1995年，日本政府颁布实施了新的《科技基本法》，开始连续的五年为周期的“科技基本计划”。2001年日本开始国立研究机构改革，涉及科研经费管理的主要措施包括：
国立研究机构的法律地位变为独立行政法人，提高各机构在人员和财务管理方面的灵活性。改变政府科技主管部门按年度来详细规定研究机构工作计划和预算的做法。
从经费管理的角度，日本的做法说穿了就是减少对科研人员的束缚，在加强科研机构考核的同时，只要能够较好地做好科技研发工作，经费使用、经费预算、日常的科研工作细节国家都可以不管，对日本而言，科研经费同样是纳税人的钱，为什么可以这样做?
反观我国的做法，通过绩效工资改革缩小了科研人员不同贡献之间的差距，科研经费预算管理僵化、科研单位科技经费管理没有灵活性，再加上科研经费分配体制自身的一些问题，这才是制约我国科技创新的重要障碍。
在这种情况下，是否应该做些顶层思考?科技创新重在成果，对于成果卓着的是否应该适当增加科研经费使用的灵活性和科研经费投入的力度?科研工作环节很多，加强管理是否应该面面俱到?建设和谐社会背景下科研人员收入差距多大合适?少数顶尖科技人员的高收入能说明收入分配制度合理吗?我国如何在科技投入与科研经费管理中走出一条新路?
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