曲氟沙星的不良反应与其它氟喹喏酮类药物相似，有报道为头晕、头痛、嗜睡、恶心及皮疹等。静脉输液后可发生静脉炎。
动物试验表明曲氟沙星对于生长骨及软骨无副作用，但尚缺乏用于小儿科治疗方面的数据，目前曲氟沙星还不被用于伴有严重和/或耐药感染儿童的治疗，除非无适当的选择。
曲氟沙星可诱导中枢神经系统副作用的产生；且其在肝脏代谢，需要时做剂量调整。尽管口服曲氟沙星后仅有少量原形药物自肾排泄，但缺乏有关肾功能不全患者的特殊药代动力学研究资料。
妊娠与哺乳期注意事项与氟喹诺酮类药物相同。
对曲氟沙星和其它喹诺酮类药物过敏者