最通常的物理图的构建方法是把限制酶切的DNA片段，按其次序排列连接起来。作图的技术路线基本上分两类：一类是由长到短作图，另一类则是由短到长作图。
前者是将基因组DNA用切点很少的限制酶如NotI等完全酶切，得到长约100～l000kb的DNA长（大）片段，每条染色体平均切成130个片段，按照片段上的标记把片段按次序排列，然后再把每一长片段酶切成短片段，再把短片段排列成序。这是由长到短的作图，图比较完整但分辨率低。
后一类方法则是先将基因组DNA用限制酶作部分酶切，得到的短片段分别用酵母人工染色体（YAC）或粘粒等作载体加以克隆，然后根据克隆片段两端共有的序列即重叠序列，两两连接，逐渐延伸成长片段。这样作图分辨率较高，但图不完整往往留有空缺。这是因为有些酶切产生的DNA片段太短，不易被克隆，以致在通过重叠序列把片段连接时出现中断。一组相互邻接的DNA片段的克隆称为邻接DNA片段组（contig）。
一个contig通常只有2～6个粘粒克隆，即所含的DNA片段相加只有100～300kb，如除去两两片段的重叠序列，则一个contig作图覆盖的DNA长度是有限的。要求在5年内做到一个contig能覆盖2000kb DNA，并带有几个标记。