植物的基因型对外植体褐变发生频率、程度都存在根本性影响,轻者影响细胞生长和繁殖,重者导致细胞死亡。这是由于基因会从根本上导致植物体内相关物质合成量有差异。在木本植物中,单宁含量或色素含量高的植物容易发生褐变, 这是由于酚类的糖苷化合物是木质素、单宁或色素的合成前体, 酚类化合物含量高, 木质素单宁或色素形成就多, 而酚类化合物含量高将导致褐变的发生,因此,木本植物一般比草本植物更容易发生褐变。在植物组织培养中,不同物种之间褐化程度差异很大, 就是同种植物的不同品种间也存在一定差异, 在比较两类葡萄品种的褐变时, 发现酚类物质含量与褐变发生具有正相关性。同一种植物中, 幼龄材料一般比成龄材料褐变轻。马文卿等证实, 大花蕙兰是易褐化的植物, 由基因型导致外植体诱导和试管苗增殖中均存在褐化现象。