有机质谱仪器通常由离子源、质量分析系统、离子收集系统、真空系统、样品入口系统以及数据系统六个部分组成。早先的仪器如图所示，有入口系统、离子源、质量分析系统 （即磁铁构成的磁场） 、真空系统以及离子收集和记录系统，后者通常是简单的电位记录器或示波记录器。随着近代质谱仪器的迅猛发展，计算机几乎无所不能，它不仅取代了落后的记录方式，而且形成了独立的数据系统。
