（1）血常规与生化检查
活动期病例血红蛋白减少，白细胞、血小板计数和C反应蛋白增多，红细胞沉降率加快，血清清蛋白可有不同程度的减少。
（2）粪便检查
有利于确定肠道炎症的程度，并排除各种感染性（细菌及寄生虫）肠病，使用抗生素者应进行难辨梭菌检查，以排除假膜性肠炎。
（3）血清标志物检查
核周型抗中性粒细胞胞质抗体（p-ANCA）及抗酿酒酵母菌抗体（ASCA）有助于鉴别炎症性肠病类型。
（4）病毒学检查
IBD患者更易感染肠道侵袭性的病毒如巨细胞病毒（CMV）、EB病毒等。临床需要排除病毒感染导致的肠道炎症性病变。