李春波博士：差异蛋白质组学研究的利器

　　2013年12月8日，第四十期质谱沙龙活动在北京朝阳医院顺利举办，来自北京师范大学、北京朝阳医院、中科院微生物所、空军总医院的百余名专家学者齐聚一堂共同参加了此次沙龙活动。

AB SCIEX公司市场部 李春波博士

　　作为质谱沙龙主办方来自AB SCIEX 公司市场部李春波博士做了题为《差异蛋白质组织学研究的利器-iTRAQ技术与TripleTOF™4600系统》的报告。

　　李春波博士首先介绍了蛋白质组学的主要应用领域，包括：蛋白质鉴定，生物标志物发现，生物标志物的确认，蛋白翻译后修饰鉴定，肽段/蛋白质的精确定量，信号通路中的翻译后修饰定量分析。即鉴定→表征→确证→确认。

蛋白质标志物

　　就如何发现生物标志物，李春波博士提出了BDS生物标志物发现系统。维基百科给出的生物标志物定义是指位于生物体中，被认为有意义的生化分子。通常是特殊的蛋白质或特征化合物。不同种类的细胞具有特定的生化分子，可以借由病理或是免疫染色的方式展现出来。因而可以辨识出是哪一种细胞或是组织等，与癌细胞有相关性的生物标记则可用来检测癌细胞的产生。

　　李春波博士介绍了对正常人和肿瘤患者进行的肿瘤疾病课题的研究，通过这些研究发现，神经颗粒素蛋白在肿瘤患者体内表达下调；在进一步比较敏感患者与不敏感患者中发现，膜联蛋白A1在对治疗药物不敏感患者身上高表达；鸟苷酸结合蛋白1在药物治疗敏感患者身上高表达。李博士说，这项研究的意义在于1.帮助疾病诊断；2.帮助疾病治疗，优化治疗方案；3.评价治疗方案。

TripleTOF™4600系统与iTRAQ技术

TripleTOF™4600系统

　　李春波博士说，用户对Biomarker研究的需求是方法开发简单，快速；选择性和特异性-前处理方法简单；灵敏度-确保发现低丰度蛋白；准确性和重现性；高通量；成本低。针对用户的这些要求，AB SCIEX 公司开发了TripleTOF™4600系统。李博士介绍了TripleTOF™4600系统的特点：高分辨率，高灵敏度，高采集速度和高定量线性动态范围，在MS和MS/MS，在定性和定量，同时达到。

　　李春波博士还介绍了iTRAQ技术，即相对和绝对定量的同位素标记法。李博士说，在BDS工作流程中，只需要在常规实验中增加一个步骤，就是选择不同的iTRAQ试剂标记对照组与实验组，然后混合。

　　BDS系统在不同质谱平台之间方法转移也很方便。

　　iTRAQ™技术是蛋白质差异表达定量分析的极佳辅助工具，作为差异蛋白质组学研究的利器，BDS系统在国际顶尖科学杂志（CNS）中刊登了相关工作，得到了多家实验室的认可，Nature Protocol上也发表了iTRAQ^@的标准实验流程。截止2013年9月30日为止，世界共发表了1029篇相关的文章，发表在数量逐年递增；而中国科学家也发表了142篇iTRAQ^@相关的文章，发表数量逐年翻倍递增。

　　李春波博士介绍说，基于TripleTOF™4600系统的iTRAQ™数据，高质量二级图谱可以同时提供定性及定量信息，即便是在低分子量区，MSMS图谱分辨率高达20k，充分保证了iTRAQ™定量结果的可靠性。

　　iTRAQ标记效率，肽段的标记效率是iTRAQ相对定量实验成败的关键之一，李春波博士说，通过对多肽游离氨基进行实验数据分析，结果表明：在试验中侧链K的标记效率接近100%，而N端标记效率为95.8%，原因是样本中肽段存在一些修饰，阻止了反应集团与N端的反应。总体来说，标记是成功的，效率是高的。

　　报告最后，李春波博士总结到：BDS系统（TripleTOF 4600+iTRAQ™试剂+ProteinPilot软件）差异蛋白质组学分析，生物标志物研究方面具有强大的性能；iTRAQ™标记后使4/8次实验变成一次实验，提高了通量；BDS系统能够有效的鉴定差异大蛋白，定量准确；有非常强大的ProteinPilot软件支持，定量结果清晰且可信。

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